Після супервикиду Зона відкрила шляхи на Болота - легендарну територію - рідний дім Доктора і угруповання "Чисте Небо". Разом з цим, болота являють собою море радіації, аномалій, мутантів і іншої аморальної нечисті в особі ренегатів.

Свого роду передбанник Зони, перше місце, куди потрапляють новачки, обживаючись потроху. У погребі за селом біля армійського блокпосту мешкає торговець - з ним корисно поговорити. Сунутися на блокпост і потрапляти на очі солдатам не резон: у них наказ стріляти без попередження; з іншого боку, деякі за гроші готові миттєво подобрішати, особливо якщо поруч немає начальства. Вбивати солдатів не рекомендується, хіба тільки в разі прямої загрози для життя.

Смінтник - велика територія на місці могильника радіоактивної техніки. Є перетином доріг на основні локації півдня Зони: Кордон, Бар, Темна Долина, НДІ «Агропром»

Темна Долина - локація, розташована на сході від Звалища. Похмуре місце. Багато хто знайшов свою смерть на дощових пустищах. Все тут оповите сирої темрявою, кожна людина викликає підозри і обережний сталкер, чомусь опинився тут, вважатиме за краще обійти будь-яку будівлю стороною.

НДІ «Агропром» - локація на заході Зони. Тут знаходиться науково-дослідний інститут «Агропром», в честь якого місцевість і отримала свою назву.

Підземелля «Агропрома» - катакомби під НДІ «Агропром», тут розташовується схованку Стрільця. Судячи з розповіді військового-дезертира, підземелля було побудовано для відводу каналізації інституту в найближчий водойму.

Ліс даної території на стільки просочений радіацією, що змінив колір на іржаво-червоний, від чого і отримав таку назву. На сході, в глибинах аномального лісу, населеного псі-собаками і псевдогіганта, знаходиться одна з найбільших, практично вивчених, аномалій - Симбіонт, а на півночі мешкає одна з легенд місцевої локації - Лісник.

Покинута армійська база поруч із невеликим болотом та селом. Село - місце досить моторошне: мутантами так і кишить, одних кровососів піди порахуй. Сюди рідко сталкери лізуть, частіше обходять десятою дорогою.

Лиманськ (раніше "Місто привидів" або "Лиманск-13") - локація на північному заході Зони». Це покинуте місто, до деякого часу було повністю закритим, - мало хто знав про його існування. Однак в 2011 все змінилося, коли після супервикиду шлях до локації став вільний. У боротьбі за місто зійшлися всі великі угруповання Зони.

Покинутий госпіталь - локація на півночі Зони. Руїни старого, занедбаного, і зруйнованого радянського госпіталю .Контролюється членами угруповання «Моноліт». Монстри і аномалії відсутні. За сюжетом «S.T.A.L.K.E.R .: Чисте Небо», передовий загін угруповання «Чисте небо» має розчистити дорогу через госпіталь, щоб основні загони могли пройти далі.